Este fue un año no exento de conflictos para la Administración de Justicia. Los mayores inconvenientes se suscitaron a partir de la escasa voluntad del Parlamento por legislar en favor de la liquidación de la justicia regional. Por ese motivo, las organizaciones no gubernamentales de derechos humanos colombianas advirtieron que el Gobierno y el Congreso debían acatar las recomendaciones de la comunidad internacional para desmontar en forma total la justicia regional. En una comunicación suscrita por 34 ONG, estas se declararon sorprendidas por la forma como el Ministro del Interior, Néstor Humberto Martínez Neira, descalificó las declaraciones de Anders Kompass, delegado en Colombia de la ONU para los Derechos Humanos, el mismo que afirmó que un desmonte apenas parcial de la Justicia Regional va en contra de los preceptos internacionales del debido proceso.
En razón de ello, en junio, mientras en el Congreso se seguía discutiendo el futuro de la justicia regional, también llamada, justicia sin rostro, el Consejo Superior de la Judicatura comenzó el desmonte de esta jurisdicción especial. De este modo, la Sala Administrativa de la corporación expidió un acuerdo por el que se decretó el traslado de 5 magistrados del Tribunal Nacional de Orden Público y de doce jueces sin rostro, a cargos en la justicia ordinaria.
Si bien algunos sectores se opusieron a la existencia de esta jurisdicción, otros exigieron su flexibilización. Por ello, el Congreso aprobó a fines de junio su reformulación. Esta busca no sólo garantizar la continuidad de más de 9.000 procesos sino permitir un desmonte progresivo de la antigua reserva de identidad de fiscales, jueces y testigos.
La justicia regional debió concluir el 30 de junio porque así lo consagró la Ley Estatutaria de la Administración de Justicia en 1996. En razón de ello, y como el Congreso no podía conservarla como ley ordinaria, optó por una salida legal para mantener esta jurisdicción. Como era de esperarse, esto suscitó serios conflictos políticos e, inclusive, la renuncia del Ministro de Justicia.
La decisión del Parlamento de mantenerla vigente, aunque con algunos cambios importantes, fue una forma de evitar las consecuencias de un desmonte total de la figura. En esa medida, el catálogo de delitos para esa justicia especializada se redujo exclusivamente a los más graves. El testigo con reserva de identidad será simplemente un mecanismo absolutamente excepcional para casos de comprobado riesgo para su vida o integridad física y por resolución motivada del Fiscal General de la Nación, previo concepto del Procurador General de la Nación.
La llamada “Justicia Regional” se constituye como un mecanismo coadyuvante al combate de los delitos más graves, pero al mismo tiempo, contraviene los principios del debido proceso y de los derechos humanos consagrados en los tratados internacionales. Uno de los retos del Estado colombiano es estructurar un sistema que permita la protección adecuada de los funcionarios judiciales sin vulnerar las garantías judiciales, dentro del marco de una seguridad ciudadana democrática.
Aun cuando hubo temas delicados que generaron gran debate, se presentaron otros puntos que significaron avances concretos en el camino de la reforma de la Justicia. Uno de estos puntos fue la aprobación por el Senado del proyecto de nuevo Código Penal en mayo. Algunos de los temas contenidos en éste fueron objeto de controversia. La tensión se generó en torno a la penalización o no de la reserva del sumario. Sin embargo, finalmente el Senado aceptó excluir el polémico artículo 432 que constituía una amenaza a la libertad de prensa y al derecho ciudadano a la información y a la fiscalización sobre las actuaciones judiciales.
De otro lado, después de cinco años de haber sido presentado al Congreso, entró en vigencia el Código Penal Militar, y con ello se fijó límites al fuero militar. La parte más importante tiene que ver con los delitos no relacionados con el servicio definidos en el artículo tercero: "En ningún caso podrán considerarse como relacionados con el servicio los delitos de tortura, el genocidio y la desaparición forzada, entendidos en los términos definidos en los convenios y tratados internacionales ratificados por Colombia". Los miembros de las Fuerzas Armadas que cometan esos delitos, o cualquier otro definido por tratados ratificados por Colombia, no serán juzgados por la Justicia Penal Militar, sino por jueces ordinarios. Este es un gran paso que pone en evidencia la sujeción de los integrantes de las Fuerzas Armadas al poder civil e impide la impunidad que puede generarse cuando un miembro de las Fuerzas Armadas viola los derechos humanos de un ciudadano.
Uno de los más graves problemas penitenciarios en Colombia es el hacinamiento en las cárceles. En razón de ello, el Gobierno nacional definió en marzo la puesta en marcha de la primera etapa del denominado "Plan 20 mil", destinado a enfrentar el problema carcelario del país. La decisión fue adoptada en un consejo de seguridad, bajo la orientación del Presidente Andrés Pastrana.
Este plan le permitirá al Gobierno en un plazo no mayor a 6 meses, obtener el diseño definitivo del proyecto de construcción de 16 nuevos centros penitenciarios, con una inversión de 5 millones de dólares. El "Plan 20 mil" proyectado para los próximos cuatro años adecuará 20 mil nuevos cupos carcelarios, distribuidos en 40 instalaciones a nivel nacional, con un esquema de empresa productiva. El alto grado de violencia criminal en Colombia genera que cada año la población carcelaria se incremente, si a la par no existe una política de redimensionamiento de las prisiones las deficiencias penitenciarias crecen. Ante ese problema, el Gobierno apunta a ampliar la infraestructura.