La Corte Superior de Distrito o la Corte Suprema de Justicia son los órganos de la justicia ordinaria encargados de resolver los conflictos de competencia que se susciten entre la justicia militar y el fuero común.

Corresponde a la Corte Suprema de Justicia, decidir en las contiendas de competencia entre un tribunal militar y otro del fuero común.

La Corte Suprema de Justicia es la encargada de dirimir los conflictos de competencia que se susciten entre la jurisdicción penal militar y la ordinaria.

La legislación vigente no define con claridad esta figura. Sin embargo, establece que la Jurisdicción militar comprende la facultad de investigar las infracciones cometidas por los militares de las Fuerzas Armadas, sancionadas por el Código Penal Militar y por las demás leyes de la materia, siempre que estas infracciones sean de carácter militar. Las de índole común corresponden a los jueces y tribunales comunes.

Corresponde a la Corte Suprema de Justicia dirimir las contiendas de competencia que se susciten entre los tribunales militares y los tribunales comunes.

Con la Constitución anterior a la vigente de 1999, correspondía a la Corte Suprema de Justicia decidir sobre la competencia que surgiera entre jueces militares y civiles que actúan en territorios de distintas entidades federales.

Si el cuestionamiento de la competencia se presentaba entre un juez militar y uno civil y ambos actuaban con en una misma entidad federal decidía la autoridad que indicaba la respectiva Ley Orgánica de Tribunales.

La Constitución actual señala claramente que la jurisdicción penal militar es parte integrante del Poder Judicial y solo conocerá de delitos de naturaleza militar.